組織結構
1.地理信息科學研究室：主要開展時空數據分析與建模方法、地表過程模式挖掘與知識發現研究。
2.地圖學研究室：以地圖認知、傳輸和表達為核心，發展現代地圖學的理論、方法和技術體系，為資源環境和相關領域提供 可視化的應用服務。
3.生態環境信息學研究室：主要開展星地一體化高精度地表建模方法研究，建設生態環境信息學理論體系。
4.海岸帶海洋信息系統研究室：主要開展海洋時空多維模型、綜合分析、表達與集成的理論與技術方法的研究，服務于國家 海洋開發戰略。
5.地球數據科學與共享研究室：主要開展地球數據科學理論方法及技術體系、地學數據共享與信息化科研環境研究，建設運營國家地球系統科學數據中心及中國科學院地球系統科學數據中心。
6.資源環境數據與分析研究室：主要開展資源與環境科學數據生成、處理及應用分析方面的研究，構建區域、國家層面、周邊國家及全球長時間序列資源環境空間數據集。
地球信息科學聯合實驗室(與香港中文大學等聯合成立）、海洋地理信息系統聯合實驗室(與中國科學院海洋研究所合作）、機器地圖聯合研究中心(與解放軍信息工程大學合作）、中德環境信息學研究中心（與德國亥姆霍茲聯合會合作）、中國南海 研究協同創新中心（南京大學主持，實驗室、中國南海研究院等單位共同成立）、江蘇省地理信息資源開發與利用協同創新中心（南京師范大學主持，實驗室、國家測繪地理信息局衛星測繪應用中心等單位共同成立）。